GrippeA: plus d’épidémie et pluie d’accusations

Les chiffres sont là. Et personne ne songerait sérieusement à les remettre en question: la France n’est plus aujourd’hui en situation épidémique vis-à-vis du nouveau virus H1N1.

Pour autant nous sommes loin, bien loin d’en avoir fini avec la première pandémie grippale du XXIe siècle. Et ce pour deux raisons principales. La première est que personne n’est en mesure de prévoir ce que sera dans les semaines, les mois et les années à venir la dynamique d’un virus à bien des égards atypique: un virus qui – si la chose était possible – semble prendre un malin plaisir à déjouer les prévisions des experts en virologie.

CC Flickr chrisstreeter

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Comme l’explique Antoine Flahault,  une seule chose est acquise: «nous avançons en terre inconnue». De ce point de vue  – et au risque de lasser leurs auditoires –  experts et responsables sanitaires français ou internationaux sont pleinement dans leur rôle quand ils mettent en garde contre l’idée de plus en plus répandue que, sur ce front, tout est fini.

Il n’en reste pas moins vrai que ces mêmes responsables sont aujourd’hui dans une situation à bien des égards délicate. Comment  être audible sur l’impératif vaccinal immédiat alors que la menace s’éloigne et que nul ne sait quand, ni sous quelle forme, elle reviendra? Comment, sur le fond, faire de la pédagogie sanitaire au moment même où l’on est la cible d’attaques, politiques ou pas, de plus en plus structurées concernant la stratégie développée ces neuf derniers mois? Ce sont aussi ces attaques et leurs prolongements institutionnels  qui font que l’on va sans aucun doute encore parler durablement, en France, de la pandémie.

Comment évoluer sans donner l’impression de se renier? En France, le gouvernement est à l’évidence dans une passe inconfortable. La «fin de l’épidémie» est annoncée mais Roselyne Bachelot continue d’encourager la vaccination en annonçant la prochaine réduction du nombre des centres de vaccination agréés. Et alors qu’ils sont officiellement autorisés depuis quelques jours à vacciner dans leur cabinet, les médecins généralistes dénoncent  publiquement la désorganisation généralisée du système de livraison et de disponibilité des vaccins.

C’est dans ce contexte que Roselyne Bachelot doit commencer à rendre des comptes devant la représentation nationale. Elle a été auditionnée le 12 janvier par la commission des Affaires sociales de l’Assemblée nationale. Quelques heures auparavant elle avait reçu le soutien aussi appuyé qu’inattendu de Nicolas Sarkozy. Présentant ses vœux au monde de la santé le chef de l’Etat a estimé que le gouvernement ne pouvait pas être accusé d’«en avoir trop fait».

«J’ai vu que les commentateurs, comme certains responsables politiques, ont  reproché au gouvernement la gestion de la grippe. Moi, je pense que le gouvernement a tenu le cap et fait ce qu’il fallait faire pour protéger la population (…) mon devoir de chef de l’Etat, c’est de protéger les Français, a-t-il déclaré. Que m’auriez-vous dit si nous avions manqué de vaccins ? Qu’aurait-on dit de  Roselyne Bachelot si telle ou telle personne était décédée si elle n’avait pu se faire vacciner à temps ? »

Nicolas Sarkozy a notamment évoqué le précédent de la canicule de 2003 (il était alors ministre de l’intérieur) rappelant la démission du ministre de la Santé de l’époque, Jean-François Mattei, « parce qu’à tort ou à raison on avait estimé qu’il n’avait pas pris les mesures nécessaires pour protéger les Français ».

Les mêmes causes produisant les mêmes effets la stratégie gouvernementale contre la pandémie grippale devrait bientôt (comme cela avait en son temps été le cas de la canicule) faire l’objet d’une commission d’enquête parlementaire. Un instant inquiété quant à ses possibles responsabilités dans ce domaine Nicolas Sarkozy avait très tôt su tirer les leçons politiques et structurelles de la canicule:

«Les clignotants n’étaient pas adaptés pour révéler une crise dans les hôpitaux, dans les maisons de retraite, dans la solitude des appartements. Nous sommes passés à côté de ce drame, avait-il déclaré en décembre 2003 devant la commission d’enquête parlementaire sur les conséquences de la canicule, excluant avoir voulu minimiser la réalité sanitaire. Les services relevant du ministère [de l’intérieur] ont répondu à la mission qui était la leur, une mission qui ne comporte pas le suivi statistique de la mortalité, ni celui du bon fonctionnement des services de santé ou la délivrance de consignes sanitaires. »

Pour sa part, Roselyne Bachelot vient de faire savoir qu’elle n’était pas hostile à la «mission d’information parlementaire» (dispositif moins contraignant) réclamée par le groupe des députés socialistes. Selon la ministre de la Santé, une telle mission d’information ressemblerait à des séances d’information devant les membres de la commission des affaires sociales. Pierre Méhaignerie, président de cette commission, a pour sa part indiqué qu’il y aurait soit «mission d’information» soit «commission d’enquête».

Dans l’attente, le Parti socialiste peaufine son réquisitoire :

«Face à l’avalanche de critiques et de questions suscitées par sa gestion de la grippe A, Roselyne Bachelot et le gouvernement reculent. En annonçant le non achat de 50 millions de doses non produites et le recours possible aux généralistes, la ministre de la santé désavoue sa propre politique. Mais les choses ne peuvent en rester là et de nombreuses interrogations subsistent, notamment sur les aspects financiers. La France devra-t-elle s’acquitter de pénalités ou de compensations du fait de cette annulation de commande ? Il apparaît que la gestion du stock de médicaments anti-viraux (Tamiflu, Relenza) ou de masques de protection est également critiquable: quantités démesurées achetées, médicaments périmés… De manière plus fondamentale, c’est la gestion d’une crise sanitaire qui se révèle contre-productive, aboutissant au renforcement des doutes des Français en matière d’utilité de la vaccination. Le taux de vaccination est très faible : l’échec est patent pour la santé publique. »

D’autres procureurs se lèvent, comme les responsables de la Coordination nationale médicale santé environnement une  association«qui regroupe des professionnels de santé de tous horizons» et qui entend «dénoncer énergiquement la gestion calamiteuse de la lutte contre la grippe H1N1 telle que l’a mené dans notre pays le ministère de la Santé sous la férule de Mme Roselyne Bachelot». Selon elle, les accusations ne manquent pas.

Quelques extraits:

  • décisions sanitaires prises auprès d’experts dont les liens explicites avec l’industrie pharmaceutique constituent un conflit d’intérêt tel qu’il discrédite absolument l’expertise;
  • annonce d’une «pandémie» apocalyptique qui se révèle plus bénigne que les épidémies hivernales de grippe saisonnière;
  • contrats passés avec les multinationales tenus secrets et révélés, en partie seulement, par le biais de la Commission d’accès aux documents administratifs;
  • exonérations de toute responsabilité des laboratoires producteurs en cas de problèmes de complications post-vaccinales; constitution de stocks considérables (et pour l’essentiel non utilisés et prochainement périmés) de Tamiflu;
  • décision de sa prescription systématique de cet antiviral devant tout syndrome grippal sans aucune preuve scientifique de son efficacité;
  • gabegie financière sans précédent (pouvant être estimée à près de 2 milliards d’euros) additionnant des achats pharaoniques de doses vaccinales, de masques et d’antiviraux, la mobilisation et l’indemnisation d’un personnel sanitaire et administratif sur plusieurs mois; organisation militaro-administrative d’une campagne vaccinale qui devait être sans précédent et n’arrive qu’à aboutir à un échec retentissant auprès de la population (cinq millions de vaccinés) malgré une dramatisation et une désinformation médiatique répétitive;
  • mise hors-jeu du corps médical des médecins de ville probablement suspectés d’incompétence en la matière ou de risque de désobéissance etc.

Roselyne Bachelot peaufine quant à elle sa défense tout en attaquant sabre au clair. Elle rejette d’emblée les critiques «malveillantes» et justifie mordicus son action point par point. «Je pourrais m’adresser un reproche, a-t-elle affirmé aux députés : non pas d’en avoir trop fait pour protéger nos concitoyens du risque pandémique mais celui de ne pas en avoir fait assez, peut-être, pour les protéger de l’irresponsabilité de certaines personnalités publiques et de la désinformation qu’elles ont organisée». Selon elle, «l’heure des bilans n’a pas encore sonné». Quand cette heure sonnera-t-elle?

Jean-Yves Nau

Image de une: CC Flickr chrisstreeter

H1N1pdm : fin de la première saison

La première vague épidémique est bien terminée. En effet, d’après le réseau Sentinelles, pendant deux semaines consécutives, l’incidence nationale est passée sous le seuil épidémique (figure 1 ci-dessous). Ce “seuil” épidémique est calculé par un modèle statistique (dit de regression périodique, mais qu’importe) qui tente de tenir compte du fait qu’il y a toujours du “bruit” produit par des syndromes grippaux qui ressemblent en tous points à des infections grippales mais qui ne sont pas dues au virus de la grippe. Et que le niveau de ce bruit dépend de la période de l’année (il est plus élevé en hiver qu’en été notamment). Cela ne signifie pas qu’il n’y plus de virus grippal parmi les syndromes grippaux actuellement diagnostiqués par les médecins généralistes, mais qu’il peut y avoir plusieurs autres virus hivernaux responsables.

Figure 1 : la pandémie H1N1pdm en France en 2009

grippeFrance140109

Certains de nos fidèles blogueurs se posent la question (pertinente) de savoir si cette forte baisse de l’incidence n’aurait pas sa cause simplement dans les vacances de Noël. Il est vrai que les vacances scolaires freinent (refroidissent) les foyers épidémiques. C’est même la base du raisonnement qui consistait à fermer les écoles au début de la pandémie. Cependant, la France n’est pas seule dans l’hémisphère nord, et l’exemple nord-américain (site des CDC d’Atlanta, bulletin hebdomadaire en anglais en ligne) semble indiquer que la décrue n’a pas pour seule origine les vacances, mais aussi la dynamique propre du virus H1N1pdm. Regardez encore les épidémies saisonnières des 25 dernières années du réseau Sentinelles (figure 2 ci-dessous) : des petites, des grandes, de longue durée ou de courte durée. La variabilité des sciences du vivant : les épidémies se comportent comme les individus. En fonction des souches, de l’immunité de la population, de je ne sais quel facteur que nous ignorons encore, certaines épidémies sont plus importantes que d’autres. Les vacances de Noël en France ont peut-être accéléré la vitesse de décroissance, mais elles n’ont probablement pas été la seule cause.

Figure 2 : 1984-2009, 25 ans de surveillance de la grippe par les généralistes

grippeFrance_84_09

Y aura-t-il une prochaine vague ? Nous ne le savons pas et épidémiologiste échaudé craint l’eau froide : nous ne sommes pas des devins. Et lorsque nous présentons des “scénarios possibles”, nous apparaissons comme des prévisionistes. Et l’on se trompe. Souvent. Il y aura bien de prochaines épidémies de grippe, mais pas nécessairement cet hiver. Le virus H1N1pdm circule encore dans le monde actuellement et même en France. Reviendra-t-il plutôt l’automne-hiver prochain ? A l’identique ? Ou bien après un nouveau tour de planète, aura-t-il muté suffisamment pour que le vaccin adjuvé ne soit plus protecteur contre lui ? La surveillance planétaire du virus organisé par le réseau mondial mis en place par l’OMS (FluNet) permettra – espérons-le – la détection précoce d’une mutation dont l’information sera précieuse pour la composition vaccinale de septembre prochain. A priori, il reste un réservoir susceptible au virus H1N1pdm de taille suffisante pour permetter au virus d’être à l’origine de nouvelles vagues épidémiques sans “avoir besoin” de muter. Mais nul n’est devin. On devient peut-être plus prudent avec l’âge et l’expérience… d’une pandémie !

On entend dire que la fin de l’épidémie signe la fin de la vaccination. Dans les faits, c’est peut-être ce qu’il va se passer, mais le rapport bénéfice-risque du vaccin, à titre individuel, ne plaide pas en faveur d’une telle attitude. Rien n’a vraiment changé. Le risque on le connaît mieux, il est très limité avec ce vaccin pandémique. On trouvera toujours des personnes réticentes à la vaccination pour des raisons de risque, c’est bien leur droit. Après tout, il est dangereux aussi de traverser la route, surtout en ce moment. Le bénéfice, il n’y a qu’à regarder les chiffres. Il n’est certes pas quantitativement considérable. Il semble cependant notable. Si une nouvelle épidémie de même ampleur que celle que nous avons connue se produisait à nouveau en France, il s’agirait d’éviter environ 1200 hospitalisations de cas graves en réanimation et 250 décès (ne parlons même pas des cas bénins ou des arrêts de travail). Est-ce une projection que l’on qualifiera à nouveau de “catastrophiste”  de ma part ? L’an dernier mon raisonnement était basé sur des niveaux de risques comparables à ceux de la grippe saisonnière, et je m’étais lourdement trompé : cette grippe n’a semble-t-il pas tué les personnes âgées comme durant les hivers précédents, mais plutôt les jeunes, et de façon rare au lieu d’exceptionnel. On n’a pas l’habitude dans nos pays riches de regarder trop à la dépense lorsque l’on peut sauver des vies. On met tout en oeuvre pour sauver deux spéléologues bloqués à 300 mètres sous terre. On dépèche frégate et hélicoptère pour aller rechercher des otages au large de la Somalie. On risque la vie de nos chasseurs alpins pour aller chercher un alpiniste bloqué par la tempête de neige. Pour éviter l’ECMO (l’oxygénation par circulation extra-corporelle), dont on peut calculer le coût journalier, tout comme celui de la réanimation, et pour sauver des vies de jeunes et de personnes âgées, d’asthmatiques, de diabétiques ou de femmes enceintes, on peut penser qu’un vaccin sûr et efficace puisse être administré. A titre individuel en tout cas. A titre collectif, c’est une autre affaire, et j’espère qu’un jour on tirera vraiment les leçons de cette pandémie en tentant d’éviter une épidémie saisonnière de grippe en mettant les moyens et les chercheurs sur le pont. On ne sait pas bien lutter contre les épidémies saisonnières, il va falloir s’atteler à cela. En toute sérénité. Sans urgence. Sans drame. En exposant clairement tous nos conflits d’intérêts éventuels. En toute transparence. Avec les personnes volontaires pour participer à une telle aventure. Et ce sera utile pour la prochaine pandémie. Auparavant, l’étude du comportement des pays où la couverture vaccinale est élevée (Canada, Suède : plus de 60 % de vaccinés) vis-à-vis de la résurgence épidémique, si elle devait être au même virus, sera très instructive.

Antoine Flahault

14/01/2010, 4:33 PM GMT

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118 commentaires pour “GrippeA: plus d’épidémie et pluie d’accusations”

  1. kp, le 9 February, 2010 à 3:56 am Said:

    Aller, j’enfonce le clou et je fous le bordel.

    Si Reverend ou Gyuran ou Baba ont plus 60 ans ils sont dépassés par les événements en médecine et je suis gentil.

    Ok, je pense que ça va chiez pour moi, mais au moins, ils parleront ces vieux schnocks…
    Allez go, lachez vous

  2. kp, le 9 February, 2010 à 4:44 am Said:

    Pour dire la vérité je n’ai trouvé qu’ intérrésant que les articles de Jean et Bernard les autres je les trouvés sur d’autre site en les même termes, je trouve ça inqiuentant…

    KP

  3. kp, le 9 February, 2010 à 4:53 am Said:

    Posons la question qui fache: ce blog a-t-il encore une raison d’être :provoquation : réponse?

  4. Bernard Guennebaud, le 9 February, 2010 à 9:38 am Said:

    Pour ma part je pense que l’opposition (la provocation selon KP) de ReverendFR me permet de mener une réflexion que je n’avais jamais faite en particulier pour comprendre et ensuite faire comprendre pourquoi la propagation d’une maladie n’a aucune raison de suivre une loi normale. Je vais tenter d’affiner les explications sur ”H1N1 tue plus les jeunes…”

    Gyuran pose des questions, reconnaît ses limites sur certaines et voudrait les dépasser. C’est plutôt très bien !

  5. ReverendFR, le 9 February, 2010 à 11:15 am Said:

    Déclaration d’ interet vis a vis des laboratoires : aucun
    vis a vis des malades : totale
    âge : 49
    installé depuis 20 ans
    kp pouvez vous resumer au moins deux de mes thèses sur ce blog qui seraient courantes ailleurs ?( n ayant pas l habitude de perdre du temps à écrire ce que tout le monde sait ou croit savoir )
    Et vous kp quel âge ? Quelle formation ? Quelle déformation ? Quel sexe ?

  6. ReverendFR, le 9 February, 2010 à 11:59 am Said:

    Bernard quel lien avez vous vers la courbe de la Lorraine et du Poitou qui montreraient une augmentation en semaine 45 ( semaine incluse dans les vacances de la Toussaint )
    je pose cette question car deux exceptions a une règle observée chez les autres y compris en ile de France une plus grande pente de décroissance équivaut a la même modification de degré de la tangente a la courbe
    je soupçonne compte tenu de plus de la grande variation des chiffres que vous relevez en Poitou et Lorraine cette semaine la qu elle sont a part des autres et si une inflexion a eu lieu avant ce pourrait être du fait d’ un retard de remontée des données ce que la fusion des courbes vous apporte comme information ! C est tout l intérêt de la loi des grands nombre que vous pouvez ringardiser pour séduire kp mais que vous ne pouvez réfuter car elle existe et corrige les aléas d’ observations trop partielles
    prenez 30 courbes erratiques , accidentées , par divers artefact chaotiques si vous voulez et additionnez les et vous découvrirez une belle courbe bien lisse ! Et plus vous rajouterez de données plus cette courbe vous révélera ses secrets
    Deux modes vous révèlent qu une autre courbe est incluse
    une inflexion nette mathématiquement inattendue vous révèle un événement
    dans cette période vous avez 5 événements
    la rentrée des classes
    l arrivée du rhinovirus
    les vacances de la Toussaint
    la recommandation d élargir la prescription de tamiflu
    les vacances de fin d’ année
    et quelques avènements climatiques ( chaleur ou froid de survenue brutale ) dont l intérêt n est pas encore précisé

    Ne croyez tout de même pas que les epidemiologues ne savent rien ! La propagation dans les écoles est évidente et bien connue !
    La question fondamentale a soulever c est l influence sur la courbe naturelle .Autrement dit sa qiantification a chaque période de la courbe et nous avons la chance d’ avoir des courbes décalées dans le temps donc les congés de la Toussaint y sont placés tres avant le pic juste avant ou juste après

  7. Gyuran, le 9 February, 2010 à 12:47 pm Said:

    @ kp

    Chacun ici est libre de ses réponses vous l’avez constaté comme moi.
    Je considère qu’il y a des informations plus ou moins pertinentes, comme en médecine générale.

    Par exemple j’échange avec vous sans connaitre votre nom, et qui vous le demande ?
    De plus vous n’avez pas plus répondu à ma question sur vos conflits d’intérêts dans cette pandémie. J’avais soumis l’idée à tous d’ailleurs sur un post courant novembre.

    Mais le principe de base c’est que chacun est libre. C’est une auberge espagnole ici.
    Moi aussi j’aimerais des réponses du Pr Flahault sur les VPP des tests biologiques , sur les données de Mr Mannuguerra, sur ses conflits d’intérêts. Là j’ai un début de réponse voyez plutôt:

    “Je pense par exemple au professeur Antoine Flahault, directeur de l’Ecole des hautes études en santé publique de Rennes qui est en même temps membre du conseil d’administration du LEEM, le syndicat de l’industrie pharmaceutique.”
    tiré de Grippe A : « On aurait du avoir près de 200 000 morts ! » Publié par Rédaction le 29/01/10 dans la catégorie Interview de François Autain, sénateur de Loire-Atlantique. © Enviro2B

    Les uns proposent les autres disposent, voilà pourquoi on arrive à échanger.
    Au sujet de l’âge des participants cela n’a aucune importance. Ce sont les idées et les raisonnements qui comptent le plus à mes yeux que vous les ayez bleus ou verts d’ailleurs 😉
    Alors sans rancune aucune, je tais cette non information.

  8. Babaorom, le 9 February, 2010 à 3:14 pm Said:

    kp, le 9 February, 2010 à 3:56 am Said:
    Aller, j’enfonce le clou et je fous le bordel.
    Si Reverend ou Gyuran ou Baba ont plus 60 ans ils sont dépassés par les événements en médecine et je suis gentil.
    Ok, je pense que ça va chiez pour moi, mais au moins, ils parleront ces vieux schnocks…
    Allez go, lachez vous
    =================================
    Môssieur, vous êtes un bélître (ou madame, une belitresse), considérez que je vous soufflette. Demain matin à 6h, parc Montsouris à Paris, la petite pelouse Sud Ouest, avec votre témoin. Je propose à mains nues, au sabre ou au croc de boucher, à votre guise, butor de pied plat ridicule (je tends la truite) ! Si vous êtes une dame, déléguez un vil représentant s’il vous sied.

    A part ça,, je suis encore loin des 60 mais prétendre que l’on est dépassé après 60 ans en médecine, Môssieur, comme disait tonton Georges, le temps ne fait rien à l’affaire, quand on est con , on est con .. con caduque…con débutant…petit con d’la dernière averse…vieux con des neiges d’antan… moi qui balance entre deux âges …..

    Il en est des dépassés dès la sortie de l’internat, d’autres qui ne le sont jamais. Le souci c’est de ne pas se rendre compte que le dépassement (dépassage ? dépassitude ? ) menace en permanence.

    En tout cas je suis dépassé en maths et statistiques, ça oui.

    Conflit d’intérêt ? Le seul c’est d’avoir prôné la vaccination autour de moi.

    A demain, sur le pré, donc, cuistre( cuistresse) !

  9. reverendFR, le 10 February, 2010 à 5:43 am Said:

    bernard
    j’ai lu le document de l’ecole polytechnique
    c’est amusant
    trois approches
    l’une tres mathematique qui les a passionné de derivées de galimatia partant de présupposés souvent faux (ils le savent et ils le font quand meme ) par exemple un groupe sur les 4 est celui qui incube et qui serait (miraculeusement ) non contagieux !
    ces jeunes ont ils été conseillées par des monotechniciens defaillants ?
    ensuite ils mettent des lettres et appliquent leurs courbes qui sont toutes benoitement normales ! le fruit des mathematique ne saurait etre autrement que normal
    aucune equation fut elle de savants polynomes ne rendent compte ici autre chose qu’une loi normale ou de levy
    maintenant venons en à leur deuxieme experience stochastique sui est celle de Flahaut et qui modelise sur un petit programmateur des conditions simples la encire tres mathematique et donnent : une loi normale !et là dessus ils demontrent que ce qu’ils croient savoir : qu’un vaccin ca marche que un ativiral ici supposé efficace à 100 % chez tout le monde sans contre dinication ca marche , l’isolement ça marche moins … faudrait voir pourquoi …
    Enfin là rien d’interessant non plus ils tournent en rond
    et là je ne sais pas lequel etait le plus debile de la bande eut l’idée de simuler une contamination quasi réelle via les connexions humaines d’internet !
    et là que voit on ?
    la merveilleuse courbe de Gumbel dont je vous parlais ailleurs . Ils ne la connaissent pas c’est normal les monotechniciens mathematiciens ne se sont pas interessé à cette partie là ni aux fautes d’orthographes dont le texte est truffé . Declanche au lieu de declenche etc etc …
    On excuse ces jeunes dont souvent certains ne sont pas de langue maternelle francaise mais leurs profs !!!
    Et sur leur courbe de contamination internet ils notent un truc de ouf comme ils auraient pu dire : les vacances ça a une enorme importance ! et sous cette courbe en realité on devinait deux courbes , ils ont eu deux phases decalées geographiquement de contamination d’abord avec leurs potes de paris qui ont transmis à d’autres jusqu’aux moins matheux sans doutes aux selectionnés par l’echec de leurs longues etudes et qui n’ avaient été qu’au college ou au lycée avec eux et ils notent que ceux là se livrent plus facilement aux jeu que leurs plus proches collegue jugeant l’experience sans doute triviale et de mauvais gout “: Charles henry tu imagines que ce soit un vrai virus … Diinnngue non ! laisse beton minigland j’ai une integrale à finir pour demain …lol squared 😉 ”

    Et leurs collegues de centrale lyon ont relancé le truc apres la rentrée pour une diffusion sur le secteur est de la France apres la region parisienne .

    Personne n’y aurait preté attention si bernard n’avait pas deniché ce bijou de simulation .
    les requetes google etant sans interet ne manifestant que le buzz pas la contamination et ses aleas plus sauvages qu’on ne l’imagine chez Flahaut

    Enfin ils finissent en queue de Poisson (si j’ose citer ce grand maitre ) dans des conclusions d’un extreme platitude pour un tel niveau mais il faut savoir que polytechnique c’est e fait bi-technique math-physique ! philo et histoire = zero :
    atention ce sont eux qui vont nous diriger dans peu de temps purvu qu’ils aient conservé un peu de tendresse pour leur vieille mere ..
    leurs conclusions sont preformatées avec des considerations commisereuses pour les compagnies d’ aviation qu’il aurait fallu, ecrivent ils ,indemniser si on avait coupé les communications (comme pourtant prevu par les plans ) au debut de la pandemie réelle de H1N1 porcin mexicain qui survint peu apres le debut de leur travail ! …
    …comme cette epidemie survint peu d’année apres que Flahaut et coll modeliserent pour leur haute ecole un modele non plus à point de depart asiatique mais mexicain !
    le hasard tout de meme !…
    Le hasard … ne serait il pas le nom que prend Dieu lorsqu’il veut rester anonyme ? selon l’expression de mon maitre en derision : Einstein

  10. reverendFR, le 10 February, 2010 à 5:47 am Said:

    je remet le lien de Bernard vers les polytechniciens
    http://www.edu.polytechnique.fr/documents/Rapport%20MAP04Modelisation%20mathematique%20GRIPPE.pdf

  11. Gyuran, le 10 February, 2010 à 12:54 pm Said:

    je repost mon commentaire destiné dans un premier temps au post intitulé plus blanc que blanc. Problème informatique ?

    Que les experts ce soient trompés n’est pas en soi le problème bien évidemment vous n ‘êtes pas devin. En fait la contestation porte sur les prévisions que vous avez faites à partir des données disponibles. C’est en ce sens que je comprends votre dernière phrase : « Rendre des comptes ? Oui, mais à condition qu’ils soient complets. »
    Comment juger de vos prévisions sans connaître par exemple les résultats de Mr Mannuguerra après son retour du Mexique en mai 2009 ? Cela serait il classé secret défense ?

    Enfin dès septembre 2009 nous avions les données de l’hémisphère sud. Vous en disposiez probablement fin juillet début aôut. 2009. J’ai moi même fait un pronostic fin octobre, de 252 décès sans IC que je ne savais calculer.

    A partir de là vous pouviez réajuster le scénario catastrophique choisi pour des raisons politique en mai 2009.
    Ne vous cachez pas derrière le fait que d’autres se sont trompés, ni que le virus évolue de façon imprévisible.
    NON les faits sont là et aux dates que j’indique.
    Sciemment vous avez choisi de ne rien changer, et c’est contraint par la réalité connue de tous que vous le faites aujourd’hui.
    Que ce soit pénible à dire je le conçois ; mais de grâce au moins ne feignez pas l’innocence de celui qui ne savait pas .

    En ce qui concerne les conflits d’intérêts confirmez vous vos liens avec le LEEM ? Quant est il pour vous Dr Nau ?

    @ Guennebaud

    Pouvez vous répondre quand vous aurez le temps, à ma question sur le post H1N1pdm: combien ont été réellement infectés ? du 9 février 2010

  12. Bernard Guennebaud, le 10 February, 2010 à 2:59 pm Said:

    Ayant des difficultés pour poster j fais un test avec un texte partiel

    @ Gyuran
    Vous faites bien de rappeler votre question car avec tous ces commentaires qui pleuvaient j’avais zappé.

    Donc vous demandez : « le 2,5 % correspond il bien à 1/2 de alpha ? et si j’avais choisi un risque de 1% ? »

    Absolument, on prend la moitié du niveau de signification choisi pour un test bilatéral : on répartit la probabilité des 2 côtés. Si le seuil était 1% on prendrait 0,5%. Si c’était 10% on prendrait 5%. Pour un test unilatéral on prend toute la probabilité.

  13. ReverendFR, le 10 February, 2010 à 10:55 pm Said:

    J ai oublie de dire que les jeunes polytechniciens ont eux aussi agrandi la fourchette d’ estimation de décès pour la grippe de 1918 en mettant la borne supérieure à 100 millions !
    De 20 à 100 millions alors que l on dispose de timous les registres des pays developpés de l époque !
    Décidément le syndrome de la sardine bouchant le port de Marseille existe même chez les plus matheux !
    Reprenons les courbes de mortalité par tranche d’ âge aux USA et que Jean et Bernard nous disent combien de décès supplémentaire la courbe produit !
    Je crois que cette courbe est disponible sur l article de wikipédia en anglais sur influenza a moins que ce ne soit sur l article français
    Faudra penser à modifier ces articles en fonction de nos découvertes sur 2009 .

  14. Bernard Guennebaud, le 11 February, 2010 à 1:47 am Said:

    Soyons justes avec ces petits jeunes ReverendFR, ce ne sont pas eux qui ont proposé cette estimation. Elle a circulé, et même au delà, en 2005-2006 avec les données de l’Asie.

    Dans un ouvrage publié en septembre 2005 par 2 de nos grands professeurs avec un titre sans ambiguïté ”Pandémie la Grande menace – 500 000 morts en France ? ” en lettres rouges sur fond noir on y lit que ”Johnson et Mueller ont proposé en 2002 le chiffre de 50 millions, tout en précisant que cette évaluation peut être considérablement inférieur à la réalité, d’un montant qui pourrait être de 100%”.

    Un peu plus loin, nos professeurs envisagent que dans notre monde actuel à la fois plus peuplé et avec plus d’échanges il pourrait y avoir en 60 et 300 millions de morts. Donc rendons à César…

    Avec un modèle déjà très complexe et des résolutions informatiques longues nos jeunes polytechniciens arrivent à cette conclusion page 36 :

    «  nous avons pu nous rendre compte que moins le virus est virulent plus longue est la durée de la pandémie, »

    Cela peut se voir très simplement et je vous l’avais montré avec des moyens dérisoires pour R0=2 et R0=4 où la durée pour 4 est nettement plus courte en raison d’un plus grand nombre de malades au début et donc d’immunisés, ce qui donne de l’énergie à l’épidémie, si je puis dire, pour décroitre rapidement ensuite.

    Cette raison permet de penser que c’est général mais ils ne l’ont pas donnée alors qu’elle est pourtant évidente à pointer.

    Ils ont travaillé avec des valeurs élevées des paramètres, ce qui leur donne 360 000 au pic à Paris pour 2,2 millions d’habitants (leurs chiffres). En réalité on a eu un taux de 607 pour 100 000 au pic à Paris (données Sentinelles) soit 13354 cas.

    Leur programme et leurs hypothèses de mises en équation ou en processus stochastique ne sont pas forcément mauvaises mais ils ont fait tourné leurs programmes avec des paramètres sans doute sans correspondance avec la réalité de l’automne 2009. Ils n’ont probablement pas été les seuls…

    A partir de 2005 avec la grippe aviaire on a assisté à une surenchère des estimations des paramètres. On voit de quoi cela a accouché. L’affaire de la grippe H1N1 n’avait pas débuté en 2009 mais bien avant et si on veut avoir une chance de comprendre il ne faudra sans doute pas placer le big bang en mars 2009.

  15. ReverendFR, le 11 February, 2010 à 2:14 am Said:

    ..

  16. ReverendFR, le 11 February, 2010 à 2:35 am Said:

    …

  17. Bernard Guennebaud, le 11 February, 2010 à 7:11 pm Said:

    De source autorisée comme on dit, j’ai appris que les plaisanteries informatiques de Slate sont volontaires : ce sont les gentils animateurs du site qui ont organisé cela pour mettre de l’ambiance dans les blogs…C’est réussi !!!!

    Je commente une ”découverte” de nos jeunes polytechniciens sur le rôle de l’isolement. Pour que les mesures d’isolement soient efficaces il faut qu’elles soient prises suffisamment tôt ! Monsieur de La Palice en aurait dit autant : il faut isoler avant que le contaminant ait touché toutes les personnes qu’il allait contaminer ! Alors, tout dépend des caractéristiques de la maladie de ce point de vue et des habitudes sociales.

    Si on devient contaminant avant d’avoir des symptômes et si ensuite l’entourage se méfie et se montre prudent de façon efficace, les mesures d’isolement après symptômes seront peu utiles. Par contre, si tout le quartier défile dans la chambre du malade pour lui faire des bisous afin de le soutenir dans l’épreuve de la maladie, l’isolement aura un impact important.

    La variole avait apporté une bonne illustration : le malade ne devient généralement contagieux qu’avec l’éruption, 2 jours après le début des symptômes. Une fois qu’on a eu compris cela, ce fut un bon critère pour pouvoir isoler les malades AVANT qu’ils ne deviennent contagieux. Ce fut très probablement la principale clé de l’éradication de la variole.

    Mais toutes les maladies n’ont pas une caractéristique aussi favorable. Il est possible que ce ne soit pas aisé à réaliser avec la grippe. Cependant, il ne faudrait en déduire que les mesures d’isolement ne seront jamais utiles quelle que soit la maladie.

    On pense bien sûr à comparer le rôle des vacances avec celui de l’isolement. Il a beaucoup été dit sur ce blog que les vacances jouaient un rôle très important pour casser une épidémie. Cela pourrait paraître contradictoire avec le rôle limité de l’isolement selon le modèle de nos polytechniciens. Il faut essayer de comprendre. Les vacances sont à la fois une mesure d’isolement des malades et de quarantaine, c’est à dire d’isolement de ceux qui pourraient avoir été contaminés, mesure qui joue un rôle analogue à l’abattage du troupeau dans lequel on a trouvé un contaminant.

    Si l’isolement n’arrête pas l’épidémie elle se poursuivra avec les autres contaminants actifs même s’ils sont moins nombreux.

    On peut alors comprendre le rôle des vacances scolaires : elles arrêtent complètement l’épidémie dans la plupart des classes. Par contre, ce n’est pas forcément le cas avec l’isolement d’une partie des malades. Même s’il permet d’avoir R0=0 pour les malades isolés, en ayant R0=4 pour les autres l’épidémie se poursuivra jusqu’à arriver au nombre (moyen) d’immunisés nécessaire. Je prends 4 pour avoir des séquences courtes.

    Un exemple avec un groupe de 1000, R0=4, et les conditions initiales au temps 0 : 1 cas, 0 immunisé. On a la suite moyenne des cas :

    {1; 4; 16; 60; 197; 395; 260; 43; 4; 0} pour un total de 980 malades sur 1000.

    Si j’interviens à partir du temps 4 pour isoler 50% des 197 contaminants actifs pour le temps 5 (tout en les ajoutant aux immunisés bien sûr), j’obtiens alors la suite suivante à partir du temps 5 :
    {236; 183; 93; 36; 12; 4; 1 0} pour un total de 843 malades avec une épidémie qui dure plus longtemps. Ce n’est pas une règle générale car avec 90% d’isolés c’est la même durée :

    {197; 55; 14; 4; 0} au lieu de 395 etc…pour un total de 352 malades au lieu de 980.

    Nos X de Polytechnique écrivent « le fait d’isoler 90 ou 99% des infectieux n’a pas une d’influence sensible sur les résultats. »
    Pour mon modèle, avec 99% d’isolés l’épidémie s’éteint presque aussitôt avec {6; 0}.

    Mais pour moi ce sont des isolements complets, c’est à dire que les isolés ne contaminent personne, contrairement au modèle de nos X. Ce qui fait que 99% d’isolés pour eux pourrait correspondre à 50% pour moi et l’écart entre 50% et 45% n’est pas très grand :

    {255; 201; 95; 32; 10; 3; 0} pour 874 cas au temps 11 contre 12 pour 50%.

    Tout cela réalisé avec des moyens dérisoires…mais qui permettent de voir qualitativement ce qui peut se produire. Quant aux prévisions quantifiées, on a vu ce que ça donnait !

  18. Jean RABAT, le 11 February, 2010 à 11:28 pm Said:

    Je viens de lire le petit rapport des étudiants de l’X .

    Ils se sont sans doute bien amusé et c’est tout.

    Leur exposé sur les Runge Kutta ressemble fort au cours que faisait le professeur Durant en 1961 à Toulouse, au certificat de d’Analyse numérique (niveau licence). Rien de nouveau … depuis que j’étais étudiant.

    Ensuite leur modèle stochastique n’en a d’ailleurs que le nom… ce n’est jamais qu’un programme en Java …

    Et pour « modéliser » le nombre de malades ils utilisent des fonctions Eulériennes.

    Bernard fait, sur le fond, aussi bien, avec moins de verbiage.

    En aucun cas ils n’ont abordé les processus aléatoires que l’on enseigne habituellement en maîtrise, parfois avec comme introduction les processus dits poissonniens, pour finir par les processus de vie et de mort.

    Et on a là le type d’équipe qu’il ne faut pas faire pour produire quelque chose d’utilisable.
    n personnes ayant la même formation : 2 à 3 ans de math sup et math spé, donc niveau d’un très bon DEUG A, deux ans de mathématiques d’un très bon niveau de maîtrise, mais pas forcement de fort développement en probabilité (tout dépend de l’enseignant) travail supervisé par une personne qui ne connaît rien au problème concret, comme eux : math et informatique.

    Heureusement que le ridicule ne tue pas… Babaorum a du bien rire !
    Ils auraient dû consulter un médecin…

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